El Museo Arqueológico y de Historia de Elche ( M.A.H.E.) ocupa las dependencias del Palacio de Altamira, debidamente acondicionados para la función museística. En él se nos muestra la historia de Elche, desde su origen hasta la actualidad, a través de los descubrimientos arqueológicos. Se trata de un museo moderno e interactivo, que invita al visitante a participar en el recorrido por toda la historia de la ciudad

Consta de seis salas situadas en los sótanos del Traspalacio, donde encontramos piezas procedentes del Neolítico y del la época íbera. Entre las piezas más destacadas podemos citar la del torso del guerrero, las esculturas del toro y de la esfinge, y reproducciones de necrópolis. También se expone una buena colección de cerámica entre las que quizás la pieza más importante sea el conocido como Vaso de Tanit, donde aparece representada la Diosa Tanit.

En este museo se exponen, entre otras piezas relevantes, el material encontrado en los distintos yacimientos del término municipal de Elche, destacando entre ellos La Alcudia, por la importancia y calidad de las piezas descubiertas. Generalmente estos poblados prehistóricos están ubicados próximos al cauce del Vinalopó y pertenecen en su mayor parte la periodo Eneolítico y a la Edad del Bronce. 

En sus vitrinas podemos encontrar puntas de flechas encontradas en el yacimiento de El Castellar, muy próximo al pantano de Elche, y que datan aproximadamente del año 1800 a. de C., al comienzo de la Edad del Bronce. Siguiendo el cauce del Vinalopó, y acercándonos hacia la ciudad actual, tenemos las zonas excavadas de El Puntal del Búho y El Fortín de La Moleta; ambos fueron creados con la función estratégica de controlar los accesos a Hélike por el norte. En ellos se han encontrado restos de vasijas decoradas y más puntas de flecha. 

La cultura del vaso campaniforme llegó también hasta nuestras tierras a través del núcleo denominado El Promontori, que por el número y cantidad de las cerámicas descubiertas, demuestran haber sido un punto de considerable importancia. Dentro ya de la zona urbana de la ciudad actual, tenemos noticias de que existió un poblado cuyas características eran configuradas por la planta circular de sus casas, las cuales se agrupaban para formar el poblado. Del mismo se exponen algunas puntas de flechas encontradas durante las labores de construcción de nuevos bloques de viviendas. A este núcleo se le ha dado el nombre de La Figuera Reona. Dentro de la ciudad, y concretamente en las inmediaciones del Parque Infantil de Tráfico, encontramos afloramientos de una necrópolis de  época íbera, y sobre la que posteriormente se construyó unas de las villas romanas dependientes de Illice. Otras piezas de interés son varias esfinges representando a figuras de toros, con un hueco en la parte posterior para introducir las cenizas del difunto, y que por tanto, constituyen auténticos monumentos funerarios. 

Una de las piezas más bellas de la colección arqueológica que aquí se expone es la figura de una Venus encontrada en La Alcudia, de la que es una verdadera pena que esté incompleta. Se muestra también una excelente colección numismática, entre las que encontramos desde las viejas monedas acuñadas en la Illice romana bajo el privilegio de inmunidad, hasta las correspondientes a finales del siglo XIX. En otro rincón se presenta una vitrina con los materiales encontrados en la Cueva de la Araña, situada cerca de la playa de Arenales del Sol, así como una fotografía en la que se nos muestran las pinturas rupestres que en su interior se hallan. 

Por otro lado tenemos el propio Palacio de Altamira, ó Alcázar de la Señoría, que tras su restauración y acondicionamiento, ha quedado incorporado al museo. Es esta zona se muestra la parte más reciente de la historia de Elche, desde la reconquista cristiana hasta la actualidad. 

Las piezas más importantes de estas salas son las cruces de término, que originariamente estuvieron en los caminos de Orihuela y de Alicante. 

No podía faltar una reproducción de la pieza más importante del arte ibérico, La Dama de Elche, cuyo original se encuentra en el Museo Arqueológico Nacional, y que temporalmente fue cedida en el año 2006 para su exposición en la sala de la Torre del Homenaje.